Многопрофильная структура музеев (исторический отдел, отдел археологии, отдел этнографии, отдел истории радиофизики, зоологический музей, мемориальный музей "Нижегородской радиолаборатории"), а также территориальная удаленность друг од друга создают определенные сложности в организации работы по внедрению КАМИС. Музей сформировался, в том числе, из кафедральных коллекций, система учета этих коллекций не была научно отработана. На начальном этапе была введена система музейного учета на основе государственной инструкции 1984 года, это помогло в дальнейшем осваивать систему КАМИС.